En los años 50, la política educativa española empieza a considerar la necesidad de extender los estudios de bachillerato al medio rural. La Ley de Ordenamiento de las Enseñanzas Medias de 1953, BOE 27/02/1953 varía los planes de estudio y contempla la creación de unos centros, denominados Colegios Libres Adoptados. Estos centros de enseñanza se ubicarían en núcleos rurales de al menos 3000 habitantes.
En Alhama de Granada, las gestiones del entonces Alcalde, D. Francisco Jiménez Zambrano y el trabajo de un numeroso grupo de alhameños y alhameñas constituidos en la llamada Junta Pro-Colegio, promueven la creación en Alhama de uno de esos Centros Libres Adoptados, que constituye con el paso del tiempo la base del actual Instituto de Enseñanza Secundaria Alhama. El 14 de febrero de 1963, el Pleno Municipal de nuestro Ayuntamiento acuerda solicitar al Ministerio de Educación la creación de un Colegio Libre Adoptado de Enseñanza Media Elemental en la Ciudad de Alhama.
El BOE de 12 de julio de 1965, publica el Decreto 1884/1965, de 24 de junio, de adopción del Colegio Libre de Enseñanza Media de Grado Elemental mixto del Ayuntamiento de Alhama de Granada, aprobado en deliberación del Consejo de Ministros del once de junio de 1965.
El centro abrió sus puertas en Alhama de Granada el 4 de octubre de 1966, en parte de las instalaciones de propiedad municipal de la Residencia del las Hermanas Mercedarias en la Joya. El Colegio Libre Adoptado así constituido tiene su dependencia orgánica de dos institutos de Enseñanzas Medias de Granada. El Padre Suarez para los chicos y el Ángel Ganivet para las chicas. En el decreto antes mencionado se ordena la creación de dos cátedras de la plantilla del Escalafón Oficial, una de la Sección de Ciencias y otra de Letras. Dichas cátedras son ocupadas por los Licenciados D. Manuel Camacho Reyes, y Dª Benicia Reyes Camacho, constituyen el primer equipo directivo de ese centro, como Director y Vicedirectora respectivamente. El equipo se completa con el nombramiento de D. Jesús Menéndez Pérez como Jefe de Estudios. El claustro de profesorado se completa con un grupo de licenciados alhameños. La primera plantilla de personal de IES Alhama estuvo formada por:
Don Juan Méndez Pérez para Francés y Geografía e Historia.
Don Juan Gómez Ortiz para Geografía y Matemáticas.
Don José Gómez Pérez para Lengua y Formación del Espíritu Nacional
Don Sergio Jiménez Duque para Ciencias.
Doña Dolores Rodríguez Sánchez para Educación Física y Formación del Espíritu Nacional y Enseñanza del Hogar para niñas.
Don Juan Valenzuela Crespo para Religión.
Don Manuel Melguizo Santander para Dibujo.
Don José Luís Navarro Sánchez para Educación Física para niños.
Conserje Don Francisco Gómez Muñoz.
Limpiadora Doña Purificación López Rodríguez.
Según recoge el periodista y presidente del Patronato de Estudios Alhameños, D. Andrés García Maldonado, en el artículo incluido en la revista del año 2008 publicada con motivo de la celebración del Día Histórico de Alhama, » …fueron ciento ochenta y seis alumnos los que iniciaron aquel primer curso de 1966/67 del Colegio Libre Adoptado, con el dato curioso en aquellos años de que había más alumnas que alumnos, lo que, por otra parte, tenía también su razón de ser en el hecho de que eran muchas más las niñas que se habían quedado en Alhama y su comarca sin acceder a estudios de bachillerato, por la costumbre que aún se mantenía por aquellos años de no dar más amplios estudios a las mujeres».
El 24 de noviembre de 1967, siendo alcalde de la localidad Don José Gómez Pérez, la corporación acuerda la adquisición, por importe de 513.000 pesetas, de un terreno de 41.854’5 metros cuadrados, ubicado en la carretera de Loja a Torre del Mar, para ubicar varios equipamientos municipales. En este solar, se acuerda el 26 de abril de 1968, en reunión ordinaria del Pleno del Ayuntamiento, realizar una reserva de 3.500 metros cuadrados para la construcción de la Sección Delegada del Instituto de Enseñanza Media. El proyecto es encargado a D. Luis Navarro Montoya, arquitecto granadino que diseñó entre otros edificios, la Ermita de Nuestra Señora de la Cabeza de la localidad granadina de Zújar en 1964 o el pabellón de la Sección de Físicas del Campus Universitario de Fuentenueva en 1978.
El 10 de julio de 1969, (BOE de 6 de septiembre de 1969), se adjudica la construcción del edificio de la Sección Delegada de Instituto de Enseñanza Media en Alhama por un importe final de 7.018.353 pesetas, a la empresa «Hormigones y Asfaltos S.A.» de Madrid.
Así, y después de varios problemas con la constructora, en el curso 1975/1976, el IES Alhama se traslada a la ubicación que tiene en la actualidad. Inicialmente, como ya se ha comentado, funcionaba como Sección Delegada dependiente del Instituto granadino Padre Manjón.
El 2 de junio de 1978, el Consejo de Ministros, BOE de 11 de agosto de 1978, acuerda la creación del Instituto Nacional de Bachillerato Mixto de Alhama de Granada, pasando desde entonces a funcionar como instituto independiente en el curso 78/79.
En el curso 76/77, inicia sus primeros pasos la Formación Profesional en el IES Alhama en uno de los edificios del recién inaugurado centro. En un principio como Sección de Formación Profesional dependiente del Instituto de Formación Profesional Politécnico de Granada, siendo su primer director D. Isidro Gómez Chacón. En el B.O.E. de 22 de septiembre de 1979, se publica la Orden de 27 de julio de 1979 por la que se amplían las enseñanzas de la Sección de F.P. de Alhama de Granada. Se comenzó con las Familias Profesionales de Electricidad y Administración, incorporándose posteriormente las Familias Profesionales de Agraria y finalmente Automoción, siendo esta última la única que continúa, junto con la recién llegada de Informática.
En el año 2009, la Consejería de Educación de la Junta de Andalucía acomete una reforma integral del centro, con un nuevo gimnasio, la demolición y construcción de un nuevo edificio en la zona norte y la remodelación del resto de las dependencias y aulas. Una inversión de aproximadamente 2,9 millones de euros y que se realiza entre agosto de 2009 y septiembre de 2010, siendo la última gran transformación que ha tenido nuestro centro.